Система внутреннего контроля качества существует с первых дней работы предприятия. По мере расширения производства и роста конкуренции возросли и требования, предъявляемые к качеству бортового питания. Поэтому в 1996 году на предприятии был организован отдел контроля качества. Главной задачей отдела является контроль за исполнением полного комплекса мер по обеспечению качества продукции, выпускаемой на предприятии. АО «Аэромар» сертифицировано по системе ISO 22000:2005 «Системы менеджмента безопасности пищевой продукции». Также на предприятии внедрена система управления качеством и безопасностью пищевых продуктов, основанная на принципах НАССР (Hazard Analysis and Critical Control Points - Анализ рисков и критические контрольные точки). Ее внедрение и успешное функционирование является официальным подтверждением того, что процессы производства, хранения и реализации выпускаемой продукции полностью соответствуют мировому уровню. Все это способствует повышению доверия к «Аэромару» со стороны авиакомпаний и пассажиров. Эта система позволяет своевременно воздействовать на уровень качества выпускаемой продукции, предупреждать всевозможные недостатки и сбои в работе, при необходимости обеспечивать их оперативное выявление и устранение.